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経費・節税 2026.08.05 3分で読了

フリーランスの健康診断費用は経費になる?仕訳と全額控除の条件

こんにちは、フリーランスエンジニアの佐藤です。個人でWeb開発の受託をしつつ、この「フリーランス経理ナビ」では日々の記帳や税金のリアルな情報を発信しています。

フリーランスになってから毎年この時期になると頭を悩ませるのが確定申口ですが、ふと「今年受けた健康診断の費用って、経費にしていいんだっけ?」と疑問に思ったことはありませんか。会社員時代は会社の福利厚生で当たり前のように受けていた健康診断も、独立するとすべて自己責任になります。

会社員であれば当然のように会社が負担してくれた費用ですが、個人事業主になると原則として自分の健康管理にかかるお金は「プライベートの支出」とみなされがちです。しかし、実は一定の条件を満たせば、事業の経費として計上できるケースがあります。

健康診断の費用が経費になるケースとは

個人事業主本人が受ける健康診断や人間ドックの費用は、基本的にはプライベートの医療費扱いになります。そのため、そのままでは通常の経費にすることはできません。ただし、従業員を雇っている場合や、特定の条件に当てはまる場合には例外的に経費として認められることがあります。

フリーランスエンジニアとして一人で作業している場合、自分一人の健康診断費用を「福利厚生費」として処理することは税法上できません。しかし、もしあなたに専従者やアルバイトなどの従業員がいて、その従業員全員を対象に健康診断を受けさせたのであれば、その費用は「福利厚生費」として全額経費にすることができます。この場合、自分一人の分だけを経費にすることはできず、あくまで従業員と同じ条件で受診する場合に限られますので注意が必要です。

また、事業の取引先や契約上の義務として、特定の健康診断書の提出がどうしても必要な特殊な案件を請け負っているような場合は、業務遂行に直接必要な費用として「諸会費」や「雑費」などの勘定科目で経費算入できる余地が生まれることもあります。ただ、これはかなり例外的なケースなので、基本的には一人親方の場合は自己負担になると考えておくのが無難です。

経費にできない場合の節税アプローチ

自分一人の健康診断や人間ドックの費用を経費にできないからといって、そのまま諦める必要はありません。税負担を軽くする方法として活用できるのが「医療費控除」です。

健康診断そのものの費用は、病気の治療を目的としたものではないため、原則として医療費控除の対象外となります。しかし、その健康診断の結果、何らかの異常が見つかり、引き続き治療を受けることになった場合の治療費や検査費用は、医療費控除の対象に含まれます。また、人間ドックの結果として重大な疾患が発見され、その後の治療につながった場合には、人間ドックの費用自体も医療費控除の対象に含められるというルールがあります。

私自身も、昨年の人間ドックで少し数値にひっかかり、その後の精密検査と治療を受けたのですが、その一連の医療費を計算したところ年間で10万円を大きく超えていました。確定申告の際に医療費控除の明細を作成して提出したことで、しっかりと税金が戻ってきた経験があります。

日々の記帳やこうした医療費の集計をスムーズに行うためには、やはり使いやすい会計ソフトを導入しておくことが一番の近道です。私は開業当初からfreee会計を使っていますが、銀行口座やクレジットカードとの同期機能が非常に優秀なので、プライベートと事業用の支出を後から仕訳で分ける作業もストレスなく進められています。ここから無料で試せますので、まだ導入していない方は一度触ってみると確定申告の時期に驚くほど楽になりますよ。

健康診断費用の具体的な仕訳と勘定科目

万が一、従業員を対象とした健康診断費用などを経費にする場合の勘定科目についても触れておきます。この場合は「福利厚生費」という勘定科目を使って記帳します。

例えば、アルバイトスタッフ1名に健康診断を受けさせ、その費用として現金または事業用口座から15,000円を支払ったとします。その場合の仕訳は以下のようになります。

福利厚生費:15,000円 / 普通預金:15,000円

非常にシンプルな仕訳ですが、ここで重要なのは「誰のための支出なのか」という点です。自分自身の健康診断費用を誤って「福利厚生費」として計上してしまうと、税務調査が入った際に否認されてしまうリスクがあります。個人事業主自身の健康管理費は、あくまで事業主貸というプライベートの勘定として処理するか、あるいは先ほどお伝えしたように医療費控除の枠組みで処理するようにしましょう。

まとめ

フリーランスの健康診断費用についてここまで解説してきましたが、ポイントを整理すると、一人で活動している個人事業主の場合、原則として経費にはできず自己負担になります。ただし、従業員を雇っている場合の福利厚生費としての計上や、治療を伴う場合の医療費控除の活用など、税金面で賢く立ち回る方法は用意されています。

身体が資本のフリーランスにとって、健康診断は最も重要な投資の一つです。経費になるかどうかに関わらず、毎年の受診を怠らず、自身の健康管理を最優先にしながら、正しく確定申告を行っていきましょう。

freee会計

※本記事は一般的な情報提供を目的としており、個別の税務判断は税理士にご相談ください。

※本記事は一般的な情報提供を目的としており、個別の税務判断は税理士にご相談ください。

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このブログについて
編集部・けいり堂

現役のフリーランスエンジニアが、確定申告・会計ソフト・経費管理のノウハウを毎日1記事更新しています。 実務で詰まった場面から記事化するので、検索でたどり着く方の悩みに直結する内容を心がけています。

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